Le 'Mission Mode' se passe dans une chronologie différente du jeu. Dans ce mode, le joueur incarne une jeune assassin qui a été contactée pour tuer un lycéen. Seulement, vous n'êtes pas le seul assassin au lycée... 

Nemesis est un personnage qui essaie de tuer le joueur dans le Mission Mode. Il est impossible de la tuer par devant; si le joueur veut la tuer, il faudra la surprendre par derrière. Mais, attention, si vous courrez, elle entendra les bruits de vos pas.
En fonction du niveau de la mission, Nemesis sera plus ou moins forte (voire invincible) et pourra même aller jusqu'à se déguiser en un élève de l'école.

Alors, qui est vraiment Nemesis ? Un garde du corps ? Quelqu'un voulant vous arrêter ? Un autre assassin qui veut vous évincer de la compétition ? Ou alors, en se basant sur son prénom - qui est celui de la déesse de la colère et la rétribution -, est-elle ici pour se venger de ce que lui a fait la protagoniste dans le passé ?

Pour l'instant, c'est un mystère complet...